La arquitectura del Renacimiento portugués íntimamente vinculada a la arquitectura gótica y gradual en sus elementos clásicos. El estilo manuelino (circa 1490-1535) fue un estilo de transición que combinó elementos ornamentales renacentistas y góticos con edificios que se acercaban arquitectónicamente a la arquitectura gótica, al igual que el estilo isabelino de España. A Manueline le sucedió una breve fase del Renacimiento temprano (hacia 1530-1550), más cercana a los cánones clásicos, seguida de la adopción de formas manieristas (del Renacimiento tardío). El manierismo portugués, especialmente en la arquitectura secular, se caracteriza por la simplicidad en la organización de las fachadas y la relativa falta de decoración, que a menudo se conoce como Estilo Chão (estilo simple). Incluso con la llegada de la arquitectura barroca a fines del siglo XVII, la arquitectura portuguesa siguió utilizando formas manieristas hasta bien entrado el siglo XVIII.
Arquitectura religiosa
Uno de los ejemplos más importantes del estilo manuelino es el Monasterio de los Jerónimos de Lisboa, en el que los ornamentos renacentistas decoran portales, columnas de iglesias y claustros. El abandono definitivo de la arquitectura gótica y las primeras estructuras renacentistas «puras» aparecen más tarde en el siglo XVI, bajo el reinado de Juan III, como la Capilla de Nossa Senhora da Conceição en Tomar (1532-40), la Porta Especiosa de la Catedral de Coimbra y la La iglesia de Graça en Évora (hacia 1530-1540), así como los claustros de la catedral de Viseu (hacia 1528-1534) y el convento de Cristo en Tomar (claustros de Juan III, 1557-1591).
Iglesias manuelinas como la del Monasterio de los Jerónimos anticiparon la unificación del espacio interior (ver la iglesia Hall) que caracterizaría a las iglesias renacentistas como la Iglesia de la Misericordia de Santarém (después de 1559), la iglesia de Santo Antão de Évora (1557-63) y las catedrales de Leiria (después de 1550) y Portalegre (después de 1556).
La iglesia de São Roque (1565-87) y el monasterio manierista de São Vicente de Fora (1582-1629), ambos ubicados en Lisboa, influyeron fuertemente en la arquitectura religiosa tanto en Portugal como en sus colonias de ultramar en los siglos siguientes. Las iglesias manieristas influenciadas por estas incluyen las iglesias jesuitas de Coimbra (Nueva Catedral de Coimbra, iniciada en 1598) y Salvador de Bahía, en Brasil (ahora Catedral de Salvador, segunda mitad del siglo XVII).
Arquitectura secular
Un ejemplo importante y raro de palacio urbano del Renacimiento es la Casa dos Bicos (c. 1525) en Lisboa, con una fachada cubierta con relieves de diamantes de la moda italiana. Durante la primera mitad del siglo XVI, la nobleza portuguesa construyó varias quintas (casas señoriales) en los alrededores de Lisboa. Entre ellos, el Quinta da Bacalhoa (1528-1554), cerca de Setúbal, es el más importante, aunque recientemente arruinado y degradado después de su venta a una bodega. En contraste con los palacios medievales portugueses, como el Palacio Real de Sintra, las fachadas del palacio Bacalhoa tienen una disposición simétrica de ventanas, logias y torres y el edificio está rodeado por un lago artificial y jardines geométricos, un conjunto que revela la inspiración italiana. También cerca de Setúbal se encuentra la Quinta das Torres (hacia 1560), también caracterizada por sus fachadas simétricas y un pabellón de tempietto en medio de su lago artificial.
El Palacio de Ribeira de Lisboa, un palacio real construido a principios del siglo XVI en estilo manuelino por el rey Manuel I, fue remodelado hacia finales del siglo XVI por orden de Felipe I (Felipe II de España). En este momento, se modernizó la fachada del palacio y se construyó una gran torre de estilo renacentista con una cúpula junto al río Tajo. El palacio y su torre prominente dominaron el paisaje urbano de Lisboa hasta 1755, cuando el gran terremoto de Lisboa lo destruyó. Con el palacio real destruido, tal vez el palacio renacentista tardío más importante de Portugal sea el Palacio Ducal de Vila Viçosa, construido entre finales del siglo XVI y principios del XVII por los duques de Braganza.