Apesar de várias mudanças que ocorreram ao longo dos séculos, essa seção do museu manteve mais ou menos o aspecto original do século XVIII. As características decorativas dessa área permaneceram inalteradas, o que influenciou o layout das esculturas e inscrições.

As peças finas da escultura antiga vêm principalmente de coleções particulares pertencentes a clérigos de alto escalão e famílias nobres romanas. Ao contrário do Palazzo dei Conservatori, o espaço interior deste edifício e o arranjo de suas características arquitetônicas são de design simétrico.

Pátio
O grande nicho central na parede final apresenta uma grande fonte com a colossal estátua de um deus do rio, conhecido como Marforio.

Os três grandes pilares de granito cinza com um friso de relevo representando os sumos sacerdotes egípcios se originam do santuário de Ísis e Serapis, no Campus Martius.

Quarto egípcio
Muitas das obras expostas são do Iseo del Campo Marzio, o santuário mais importante dedicado a Roma aos deuses egípcios.

Lobby
Ao longo das paredes do longo corredor do pórtico, que se abre para o pátio, existem grandes nichos com estátuas, incluindo representações colossais de Minerva e Marte.

Quartos pequenos no térreo
As três salas pequenas à direita da grande porta principal do Palazzo Nuovo são dispostas em fila, com acesso único. Eles abrigam documentos epigráficos importantes, retratos e sarcófagos.

Escadaria Principal
No patamar entre os dois lances da grande escada que leva ao primeiro andar, podemos encontrar os fragmentos de alguns sarcófagos, bustos e estátuas.

Galeria
Os dois lados da galeria estão alinhados com uma fileira de esculturas de vários tipos, de diferentes períodos, organizadas de acordo com critérios estritamente ornamentais. Muitas estátuas são cópias romanas de obras-primas gregas originais, agora perdidas. A restauração moderna, em alguns casos, alterou bastante a iconografia original.

Centenas de pequenas inscrições, principalmente do colombário de escravos e libertos da Empress Livia, na Via Appia, foram inseridas nas paredes.

Salão das Pombas
Esta sala deve seu nome a um dos dois mosaicos aqui expostos, encontrados na Villa de Adriano em Tivoli. Os armários com fachada de vidro contêm outras exposições particularmente interessantes; além dos fragmentos de baixo-relevo de uma Tabula Iliaca com uma representação miniaturista de cenas da Ilíada, podemos ver uma série de mesas de bronze com leis gravadas e inscrições honorárias.

Gabinete de Vênus
O centro desta pequena sala octogonal é ocupado por uma estátua do Capitolino Vênus esplendidamente preservado, com base no modelo de protótipo do Afrodite Cnidiano de Praxiteles.

Salão dos Imperadores
Retratos dos imperadores e imperatrizes e outras personagens importantes da Idade Imperial estão alinhados nas prateleiras de mármore ao longo da parede, embora em alguns casos sua atribuição esteja em dúvida.

A coleção testemunha o desenvolvimento da pintura de retratos romanos desde a Idade Imperial até o período da Antiguidade Antiga.

Salão dos Filósofos
O arranjo dessa coleção de retratos de filósofos gregos e romanos e homens de letras, muito popular entre os romanos para a decoração de seus prédios públicos e privados, segue as mesmas linhas do Salão dos Imperadores.

Muitos dos retratos são reproduções tardias e foram realizadas muito depois da vida dos personagens que representam.

Grande salão
O grande salão central preservou suas decorações originais de parede e seu teto de madeira dourada do século XVI. No centro, podemos ver uma fileira de estátuas em mármore colorido, incluindo dois centauros da vila de Adriano, ambos obra de escultores gregos.

Outras esculturas importantes, estátuas de imperadores e reproduções de obras de arte gregas também são dispostas ao longo da parede.

Salão do Fauno
O Fauno em mármore vermelho antigo que dá nome a este quarto vem da Vila de Adriano. As paredes apresentam uma série de inscrições, incluindo a famosa mesa de bronze com o Lex de imperio Vespasiani, com a qual o Senado autorizou a transferência de poder para o imperador Vespasiano em 69 dC.

Salão do Gálatas
O centro da sala apresenta o chamado “Galatian agonizante”, uma das obras mais conhecidas e importantes do museu. É uma réplica de uma das esculturas do grupo ex-voto dedicado a Pérgamo por Átalo I para comemorar as vitórias sobre os gálatas nos séculos III e II aC.

Museus Capitolinos
Os Musei Capitolini datam de 1471, quando o Papa Sisto IV doou ao povo de Roma um grupo de estátuas de bronze que até então eram mantidas no Laterano. Essas estátuas constituíam sua coleção principal original. Vários papas posteriormente expandiram a coleção com obras retiradas de escavações em Roma; alguns foram transferidos do Vaticano, outros, como a coleção albanesa, foram comprados especificamente para o museu. Por volta de meados do século XVIII, o Papa Bento XIV criou uma galeria de imagens. Uma quantidade considerável de material arqueológico também foi adicionada no final do século XIX, quando Roma se tornou a capital da Itália e novas escavações foram realizadas, criando dois distritos completamente novos para a cidade em expansão.

As coleções dos museus estão expostas nos dois dos três edifícios que juntos cercam a Piazza del Campidoglio: Palazzo dei Conservatori e Palazzo Nuovo, sendo o terceiro o Palazzo Senatorio. Estes dois edifícios estão ligados por um túnel subterrâneo, que contém a Galleria Lapidaria e leva ao antigo Tabularium, cujos arcos monumentais dão para o Fórum.

O Palazzo Nuovo abriga as coleções de esculturas antigas feitas pelas grandes famílias nobres do passado. Seu arranjo encantador permaneceu substancialmente inalterado desde o século XVIII. Eles incluem as famosas coleções de bustos de filósofos e imperadores romanos, a estátua da Gália Capitolina, a Capitolina Vênus e a imponente estátua de Marforio que domina o pátio.

O apartamento dos conservadores contém o núcleo arquitetônico original do edifício, decorado com esplêndidos afrescos que retratam a história de Roma. Os antigos bronzes de Capitolino expostos aqui contribuem para a atmosfera nobre: ​​a loba Capitolina, Spinario e o Capitolino Brutus.

No primeiro andar do palácio, uma enorme sala de vidro, construída recentemente, contém a estátua equestre de Marco Aurélio, que ficava na Piazza del Campidoglio, e os imponentes restos do Templo do Capitólio Júpiter. Uma seção também é dedicada à parte mais antiga da história do Campidoglio, desde a primeira habitação até a construção do edifício sagrado, exibindo os resultados de escavações recentes. Os corredores que dão para a sala contêm obras dos Horti do Esquilino; o salão que liga a sala aos apartamentos do Palazzo dei Conservatori contém a coleção Castellani, testemunho das práticas de coleta do século XIX.

No segundo andar, a Galeria Fotográfica Capitolina contém muitas obras importantes, organizadas em ordem cronológica desde o final da era medieval até o século XVIII. A coleção inclui pinturas de Caravaggio (Boa Sorte e São João Batista), uma tela enorme de Guercino (Enterro de São Petronilla) e numerosas pinturas de Guido Reni e Pietro da Cortona.

O Palazzo Caffarelli-Clementino possui a coleção numismática, conhecida como Medagliere Capitolino. Em exibição estão muitas moedas raras, medalhas, gemas e jóias, além de uma área dedicada a exposições temporárias.