Colorazione CPK

In chimica, la colorazione CPK è una convenzione di colori popolare per distinguere gli atomi di diversi elementi chimici in modelli molecolari. Lo schema prende il nome dai modelli molecolari CPK progettati dai chimici Robert Corey e Linus Pauling e migliorati da Walter Koltun.

Storia
Nel 1952, Corey e Pauling pubblicarono una descrizione dei modelli che riempivano lo spazio di proteine ​​e di altre biomolecole che stavano costruendo a Caltech. I loro modelli rappresentavano gli atomi con sfere sfaccettate di legno duro, dipinte in diversi colori vivaci per indicare i rispettivi elementi chimici. Il loro schema di colori incluso

Bianco per idrogeno
Nero per carbonio
Cielo blu per azoto
Rosso per l’ossigeno
Hanno anche realizzato modelli più piccoli utilizzando sfere di plastica con lo stesso schema di colori.

Nel 1965 Koltun brevettò una versione migliorata della tecnica di modellazione Corey e Pauling. Nel suo brevetto menziona i seguenti colori:

Bianco per idrogeno
Nero per carbonio
Blu per azoto
Rosso per l’ossigeno
Giallo intenso per lo zolfo
Viola per il fosforo
Leggero, medio, medio scuro e verde scuro per gli alogeni (F, Cl, Br, I)
Argento per metalli (Co, Fe, Ni, Cu)

Incarichi tipici

Tipiche assegnazioni di colori CPK includono:

idrogeno (H) bianco
carbonio (C) nero
azoto (N) blu scuro
ossigeno (O) rosso
fluoro (F), cloro (Cl) verde
bromo (Br) rosso scuro
iodio (I) viola scuro
gas nobili (He, Ne, Ar, Xe, Kr) ciano
fosforo (P) arancione
zolfo (S) giallo
boro (B), la maggior parte dei metalli di transizione pesca, salmone
metalli alcalini (Li, Na, K, Rb, Cs, Fr) viola
metalli alcalino-terrosi (Be, Mg, Ca, Sr, Ba, Ra) verde scuro
titanio (Ti) grigio
ferro (Fe) arancione scuro
altri elementi rosa
Molti dei colori CPK si riferiscono mnemonicamente ai colori degli elementi puri o del composto notevole. Ad esempio, l’idrogeno è un gas incolore, il carbonio come carbone, grafite o coca è nero, lo zolfo comune è giallo, il cloro è un gas verdastro, il bromo è un liquido rosso scuro, lo iodio nell’etere è viola, il fosforo amorfo è rosso, la ruggine è arancio scuro rosso, ecc. Per alcuni colori, come quelli dell’ossigeno e dell’azoto, l’ispirazione è meno chiara. Forse il rosso per l’ossigeno è ispirato dal fatto che l’ossigeno è normalmente richiesto per la combustione o che la sostanza chimica che porta ossigeno nel sangue, l’emoglobina, è rosso vivo, e il blu per l’azoto dal fatto che l’azoto è il componente principale dell’atmosfera terrestre, che appare agli occhi umani colorati di blu cielo.

Varianti moderne
La seguente tabella mostra i colori assegnati a ciascun elemento da alcuni popolari prodotti software. La colonna C è il compito originale di Corey e Pauling, e K è quello del brevetto di Koltun. La colonna J è la combinazione di colori utilizzata dal visualizzatore molecolare Jmol. La colonna R è lo schema usato da Rasmol; quando vengono visualizzati due colori, il secondo è valido per le versioni 2.7.3 e successive. Tutti i colori sono approssimativi e possono dipendere dall’hardware del display e dalle condizioni di visualizzazione.

Fonte da Wikipedia