Coloration CPK

En chimie, la coloration CPK est une convention de couleur populaire pour distinguer les atomes de différents éléments chimiques dans les modèles moléculaires. Le schéma est nommé d’après les modèles moléculaires CPK conçus par les chimistes Robert Corey et Linus Pauling, et amélioré par Walter Koltun.

Histoire
En 1952, Corey et Pauling ont publié une description des modèles de protéines et d’autres biomolécules remplies d’espace qu’ils construisaient chez Caltech. Leurs modèles représentaient des atomes par des boules à facettes en bois dur, peintes de différentes couleurs vives pour indiquer les éléments chimiques respectifs. Leur schéma de couleur inclus

Blanc pour l’hydrogène
Noir pour le carbone
Bleu ciel pour l’azote
Rouge pour l’oxygène
Ils ont également construit des modèles plus petits en utilisant des balles en plastique avec le même schéma de couleur.

En 1965, Koltun a breveté une version améliorée de la technique de modélisation Corey et Pauling. Dans son brevet, il mentionne les couleurs suivantes:

Blanc pour l’hydrogène
Noir pour le carbone
Bleu pour l’azote
Rouge pour l’oxygène
Jaune profond pour le soufre
Violet pour le phosphore
Léger, moyen, foncé moyen et vert foncé pour les halogènes (F, Cl, Br, I)
Argent pour les métaux (Co, Fe, Ni, Cu)

Assignations typiques

Les affectations de couleurs CPK typiques comprennent:

hydrogène (H) blanc
carbone (C) noir
azote (N) bleu foncé
oxygène (O) rouge
fluor (F), chlore (Cl) vert
brome (Br) rouge foncé
iode (I) violet foncé
gaz rares (He, Ne, Ar, Xe, Kr) cyan
phosphore (P) orange
soufre (S) jaune
bore (B), la plupart des métaux de transition pêche, saumon
métaux alcalins (Li, Na, K, Rb, Cs, Fr) violet
métaux alcalino-terreux (Be, Mg, Ca, Sr, Ba, Ra) vert foncé
titane (Ti) gris
fer (Fe) orange foncé
autres éléments rose
Plusieurs des couleurs de CPK se réfèrent mnemonically aux couleurs des éléments purs ou du composé notable. Par exemple, l’hydrogène est un gaz incolore, le carbone comme le charbon, le graphite ou le coke est noir, le soufre commun est jaune, le chlore est un gaz verdâtre, le brome est un liquide rouge foncé, l’iode dans l’éther est violet, le phosphore amorphe est rouge Pour certaines couleurs, comme celles de l’oxygène et de l’azote, l’inspiration est moins claire. Peut-être que le rouge pour l’oxygène est inspiré du fait que l’oxygène est normalement nécessaire pour la combustion ou que le produit chimique oxygéné du sang, l’hémoglobine, est rouge vif et le bleu pour l’azote parce que l’azote est la composante principale de l’atmosphère terrestre. qui apparaît aux yeux humains comme étant coloré en bleu ciel.

Variantes modernes
Le tableau suivant montre les couleurs attribuées à chaque élément par certains logiciels populaires. La colonne C est la cession originale par Corey et Pauling, et K est celle du brevet de Koltun. La colonne J est le schéma de couleurs utilisé par le visualiseur moléculaire Jmol. La colonne R est le schéma utilisé par Rasmol; lorsque deux couleurs sont affichées, la seconde est valable pour les versions 2.7.3 et suivantes. Toutes les couleurs sont approximatives et peuvent dépendre du matériel d’affichage et des conditions d’affichage.