Un noyau substantiel des œuvres des collections du Musée provient de la Galerie archiépiscopale, d’où, à l’initiative du Cardinal Martini, de nombreuses peintures des anciennes collections des archevêques milanais sont venues et qui reflètent leurs différentes orientations culturelles. Parmi ceux-ci, une partie de la collection Monti, des Visconti, des Pozzobonelli…